MolMed ha lo status di Officina Farmaceutica, e dal luglio 2003 è formalmente autorizzata alla produzione ed al rilascio di medicinali ad uso clinico, in conformità alle Buone Norme di Fabbricazione correnti (current Good Manufacturing Practice, cGMP). MolMed ha un proprio impianto GMP di produzione di circa 1400 metri quadrati, completamente ristrutturato nel 2006 e validato dall'AIFA nel luglio 2007, comprendente sei camere sterili, un’area-fermentatore, ed un laboratorio di ricerca separato . Attualmente, l'impianto soddisfa i requisiti GMP sia dell’Unione Europea, sia degli Stati Uniti.

Le politiche di certificazione qualità di MolMed sono impostate in base alla rigida osservanza delle linee-guida cGMP internazionali. Tutte le operazioni vengono eseguite seguendo le adeguate Procedure Operative Standard, gestite dalla Divisione di Certificazione Qualità.

Ogni lotto di prodotto sperimentale ad uso clinico viene verificato dal Controllo Qualità, e formalmente rilasciato dalla Persona Qualificata.